2009-02-26

細胞分裂の開始とヌクレオチド濃度の関係

細胞分裂を開始するには、遺伝子複製の材料となるヌクレオチド(ATP、GTPなどの核酸塩基)が細胞内に十分蓄積されている必要があります。細胞分裂の準備が出来ているかどうか状況を確認し細胞分裂開始の指示を出す、センサー機能や指令系統あるいは触媒反応はどうなっているのでしょうか?

この画像は臨床研の「ゲノムの動態解析と細胞機能の制御」からお借りしました。
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  投稿者 nodayuji | 2009-02-26 | Posted in ①進化・適応の原理2 Comments » 

遺伝暗号の最初ってどんなんだったの??

みなさん こんにちは
いよいよ100回目 を数えるなんでや劇場が近づいてきました
とっても楽しみです & 100回記念 の日に参加できるなんてすごいですね
このブログで何度かGADV仮説というのをご紹介しています(例えば タンパク質の擬似複製って何?

GADV仮説とは、グリシン(G)、アラニン(A)、アスパラギン酸(D)、バリン(V)という4つのアミノ酸が生物の元になったのではないかという仮説の事を言います。

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画像はコチラからお借りしました
この仮説から、原始生物の遺伝暗号を推測してみたいと思います
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  投稿者 yukie | 2009-02-25 | Posted in ①進化・適応の原理8 Comments » 

A/G/T/C/Uの働き?

ヌクレオチドを構成する核酸塩基には、A/G/T/C/Uの5種類がありますが、その各々はどんな働きをしているのでしょうか?
今まで分かっているようであまり分かっていない事柄なので、ちょっと調べてみました。
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<5′-アデニル酸の共役塩基:ウィキペディアより>

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  投稿者 fkmild | 2009-02-24 | Posted in ①進化・適応の原理1 Comment » 

ATP⇔ADPと細胞膜

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画像はコチラから。
masamuneです 8) 。ATPはミトコンドリアでつくられますが、それはどのような方法でしょうか?
調べたので投稿します。
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  投稿者 MASAMUNE | 2009-02-23 | Posted in ①進化・適応の原理2 Comments » 

生命誕生とヌクレオチドをめぐる追求課題

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※ATPの構造式

1/25なんでや劇場の議論を経て、ネットサロンでは生物史仲間とともに、生命の起源に迫る勉強と追求を続けています
※ネットサロンについては、コチラ 

今日は、生命誕生においてキーのひとつとなりそうな「ヌクレオチド」に着目し、疑問を出し合い、課題を設定しました

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  投稿者 iwaiy | 2009-02-22 | Posted in ①進化・適応の原理2 Comments » 

メッセンジャーRNAとリボソームRNAは「SD配列」で相互を認識する

また、細菌では、開始コドンの読み取りにRNAの塩基対方式を利用しているのが興味深いですね。
(一昨日のarincoさんの記事

この部分の塩基配列は「シャイン・ダルガーノ配列(SD配列)」と呼ばれています。SD配列とはどういうものか、今回はこれを紹介したいと思います。
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  投稿者 s.tanaka | 2009-02-20 | Posted in ①進化・適応の原理1 Comment » 

生命誕生には、隕石が不可欠だった!?

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画像は、がかくナビからです。
元は、物質・材料研究機構/東北大学大学院理学研究科です。
前回のなんでや劇場では、「生命の起源」にせまりましたね
詳しくはこちら なんでや劇場レポート3~生物の起源にせまる
そんな生命の起源を解明するうえで、非常に興味深いニュースをみつけました :D
その一部を紹介したいと思います
がかくナビからです。
ここは、科学ニュースをかなり分りやすく書いてあるので、初心者の方にオススメです。
いつも応援ありがとうございます
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  投稿者 miwa | 2009-02-19 | Posted in ⑧科学ニュースよりNo Comments » 

遺伝子の共同体としてのノンコーディングRNA(non-coding RNA、ncRNA、非コードRNA)

◆小さなRNAが注目されています。
生物の教科書などでお馴染みだったのは、

 生命は、遺伝子の設計図をもとにつくられるタンパク質によって、営まれています。タンパク質合成は、まず、DNA情報がいったんmRNAに転写され、次に、mRNAがタンパク質の合成工場である「リボソーム」と会合し、リボソームがmRNAの情報に従ってアミノ酸をつないでいく(「翻訳」と呼びます)、というものです。これは、すべての生物の基本の仕組みです。

2005年9月2日
哺乳動物のトランスクリプトームの総合的解析による「RNA新大陸」の発見

http://www.riken.go.jp/r-world/info/release/press/2005/050902/index.html

◆「RNA新大陸発見」は、新しいゲノム観の幕開け
>2004年10月、国際ヒトゲノムコンソーシアムにより、ゲノムのたった約2%の領域が、生物の体を作り上げている主要部品である約22,000のタンパク質をコードしていると発表されましたが、これは、一部既存の実験データを入れたものの、コンピューター予測によるところが多く、本当にそれだけが、ゲノムにコードされている情報なのかは、依然として不明でした。(中略)
> このような大規模データをゲノム上にマッピングし解析を行った結果、同一の遺伝子から、複数の転写を制御するプロモーター(転開始点)、選択的スプライシング、複数のPolyA付加サイト(3′端:RNA末尾)など、多様なRNAが生産されることが判明しました。
>また約2,000,000個のマウス完全長cDNAを詳しく分類し、44,147種類の遺伝子(Transcriptional Unit: TU)を発見しました。これは、ゲノムの70%に相当する広大な領域が、一旦はRNAに読まれていることがわかりました。さらにこれらのTUの半分以上が、タンパク質をコードしていないRNA(ncRNA)が23,218個あることが明らかとなりました。それらのエクソン領域は種間(ヒト-マウス)で保存されていないにもかかわらず、プロモーターの配列が保存されていたことは特筆するべき事実です。(中略)
>ncRNAでは、センス/アンチセンス(S/AS)による2重鎖RNAを介したメカニズムが機能しているのではないかと推察され、エクソンの配列よりも、いつどこで発現するのかということが重要であることを示唆しています。これらのデータは、哺乳類の分化や発生での転写制御の比較分析のための網羅的基盤となります。(中略)
> これらのデータは生物医学研究領域において、高等動物のあらゆる生命現象を理解する手段となります。ゲノム配列は、哺乳動物の部品(タンパク質)を作るための暗号であるのみならず、いつ、どの組織で発現するかという情報も含んでいます。(中略)
>今回、FANTOMコンソーシアムは、マウス完全長cDNA(相補DNA)で新たな配列を含む56,722種類のcDNAを見つけました。その中には、リボゾームRNA、トランスファーRNAを除くと従来100個ぐらいしか知られていなかったncRNAが、予想をはるかに超える23,000個以上存在することを突き止めました。さらに、これらが単なる漏れ出てきたRNAではなく、生体内で機能しているということを証明したこととあわせると、従来のタンパク質がゲノムにコードされている最終機能物質であるという常識は覆り、人類未踏の領域である「RNA新大陸」が発見されたことになります。
> 最近まで我々の生物学領域で存在や機能を考慮されなかった大量のncRNAによって遺伝子発現が制御されていることを示しました。ほとんどのタンパク質が哺乳類では類似なので、生物種間に差異を生じさせる理由の多くは、タンパク質構成要素系より、さらに速く進化しているRNA調節制御系の違いに隠されていることを示唆しています。
>もしこの考えが正しいなら、この発見は下に示すような生物学研究、医学やバイオテクノロジーの将来にとって重要な疑問に対し、予測される解答を劇的に変化させます。
 (1) 如何にして遺伝情報が我々のゲノム中に蓄えられるのか?
 (2) 如何にしてこの遺伝情報が複雑な哺乳動物の発生過程を制御するために処理されるのか?
(中略)
◆ゲノムは総体として働いているという新しいゲノム観
> 本研究を通じて、遺伝子とは何か、という基本的概念にパラダイムシフトが起きたと考えています。ゲノムというもののなかに遺伝子がオアシスのように散在するという旧来のゲノム観から、かつてジャンクDNAと呼ばれていた領域は実際には機能しており、ゲノムは総体として働いているという新しいゲノム観が生じたといっても言い過ぎではありません。
> さらに、本研究における「RNA大陸」の発見は、「タンパク質が最終生理活性物質であり、遺伝子とは、単にタンパク質をコードするもの」であるという既成概念を崩す結果となりました。遺伝子から、表現形質を分子レベルで説明するネットワークの中に、新たにncRNAが登場することとなります。これにより、RNAがいろいろなレベルで遺伝子の発現を調節する新たなメカニズムの研究がスタートすることになるでしょう。
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  投稿者 staff | 2009-02-17 | Posted in ⑧科学ニュースより1 Comment » 

タンパク質合成の翻訳開始の仕組

こんにちわ。arincoです。本日は、RNAからタンパク質へと翻訳が行われる時にどうやって開始してるの?という所を調べてみました。翻訳効率(翻訳のされ方)は、主に開始段階で調節されているそうです。
 果たして、翻訳開始時におけるmRNAとtRNAとリボソームの関係ってどうなってるのでしょうか。
ぽちっと、よろしく御願いします。
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  投稿者 arinco | 2009-02-16 | Posted in ①進化・適応の原理1 Comment » 

キネシンの動く仕組み

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細胞の中には、微小管やアクチン等の細胞骨格があります。中心体から伸びる微小管は、チューブリンタンパク質が集合した細長いチューブで、細胞内に放射状に張り巡らされています。
細胞は、この微小管を線路のように使って、いろいろな物質を必要な場所に運んで生きています。また細胞分裂時には、複製された染色体を細胞の両端に運びます。
この線路(微小管)上を、これらのいろいろな荷物を背負って運ぶモータータンパク質:キネシンがあります。キネシンについては、以前の記事でもご紹介しました リンク
今日は、このモータータンパク質:キネシンが、どのようにして微小管上を移動するのか?調べてみました。このキネシンが動く時のエネルギー は、ATP→ADPの加水分解 から生まれています。
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  投稿者 yooten | 2009-02-13 | Posted in ①進化・適応の原理1 Comment » 
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