なぜか？

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これは、「雌雄躯体分化」という概念で説明できると思います。
「オスメス分化の塗り重ね構造」から引用します。

III 雌雄躯体分化
・動物の場合、精卵分化から、雌雄の躯体が固定的に分かれるようになるまで、かなり長い歴史がある。脊椎動物の系統でも魚類の段階まで、雌雄同体と雌雄異体が併存。
（「脊椎動物以前の生物はオス・メス固定度が低い」）
・雌雄の躯体が分化していく背景には、摂取機能の高度化→種間圧力上昇・・・という循環的な外圧上昇構造が前提にある。
・体細胞系列の高度化の要請と同時に、各々の配偶子、生殖巣、生殖器etcを緻密につくりあげるためには、精子をつくる躯体（オス）と卵子をつくる躯体（メス）を分化させたほうが合理的。
・また、動物ゆえの種間圧力→摂取能力高度化・・・に対応するため、幼体保護と防衛力上昇の要請が加わる。これは必然的に（保存性に特化した卵子を持つ）メスの生殖負担の増大、そして、それとバランスするようにオスの闘争負担が増大させる方向へつながる。これは脊椎動物の進化史とも符合する。
・これらにより、動物の雌雄の躯体は分化していったと考えられる。

下記はこのブログの過去記事「性の起源～動物の性別決定は外圧に対応するための純粋な役割分担からスタート？～」からです。

外圧状況に応じた役割分化によって個体の性別が決定されるメカニズムの方が先行しており、より過酷な生存状況に置かれた哺乳類の段階から生涯固定の（≒染色体の組み合わせに支配された）性別＝雌雄役割分担が常態化したと考えられる

すなわち、オス・メス両方の（あるいはどちらにも変異しうる）生殖腺を分化させるのではなく、発生段階からオスメスを固定し、片方（オスならメス、メスならオス）の生殖腺は分化させないことで、より高度に生殖器官を発達させたと考えられます。

●Ｘ染色体、Ｙ染色体って何？

　発生段階でオス・メスを決定するため、哺乳類・鳥類では、性決定を司る遺伝子を持っています。哺乳類の場合、２３対ある染色体の一つが性染色体と呼ばれており、この領域に重要な性決定因子があると考えられています。

上図の１番～２２番が常染色体と呼ばれ、オスメスで同じ対ですが、２３番目はオスメスで異なっています。これが性染色体と呼ばれ、ＸＹという異なる組合せ（ヘテロ）だとオス、ＸＸという同じ組合せ（ホモ）だとメスになります。

ＸＹそれぞれの染色体の不思議については、過去記事を参照してください。

「Ｘ染色体の不思議」http://www.biological-j.net/blog/2007/12/000346.html
「Ｙ染色体の不思議」http://www.biological-j.net/blog/2007/12/000354.html

Ｘ染色体もＹ染色体も、もともとは相同な常染色体だったと考えられます。しかし、性決定因子（過去記事参照）の偏りが固定化されると、ヘテロ染色体の一方に固有の変異が蓄積されはじめます。相同性が欠失すると、交差（組み替え）が起こらなくなるため、どんどん遺伝子を喪失し、さらに変異を蓄積していったのではないかと考えられます。